Маточные луковицы хранят в специальных хранилищах при температуре 1-5° и относительной влажности воздуха 75-80 %. В этих условиях к весне в зачатках луковиц закладываются цветочные стрелки. Установлено, что во время хранения в точках роста луковиц последовательно идет процесс, определяющий переход вегетативных почек и дифференциации цветоноса и образованию генеративных органов: — цветка и его элементов — пестика и тычинок. Эти луковицы при температуре до 5° тепла после посадки в поле быстро отрастают, дружно образуют стрелки, цветут и рано дают семена.
К концу хранения степень выраженности генеративных органов у сортов в одних и тех же условиях (при одних и тех же размерах маточных луковиц) различна, что объясняется разной скороспелостью сортов, их генетической природой.
Хранение маточных луковиц при более высокой температуре (до плюс 10-12°) ведет к потере массы их (из-за усиления процессов дыхания), а при температуре ниже Г приводит к торможению процессов образования генеративных органов в точках роста или полному их отсутствию. После высадки таких маточных луковиц в поле наблюдается недружное стрелкование растений, что способствует резкому недобору семян, а в отдельных случаях произрастают нестрелкующие растения — «упрямцы».
Наилучший способ хранения маточного лука — закромное с высотой засыпки луковиц до 2 м при активном вентелировании хранилища и закромов (подача воздуха 50—80 м3 в час на 1 т продукции).
В процессе хранения маточный лук периодически просматривают для выявления очагов сильного заболевания или прорастания луковиц. При обнаружении их проводят переборку лука в этих местах: больные и проросшие луковицы удаляют.
Весной проводят сортировку и отбор маточного лука, оставляя на посадку только здоровые, типичные по сортовым признакам луковицы. Среди маточных луковиц встречаются такие, у которых нижняя часть начинает вытягиваться. Подобное изменение формы закономерно. Оно обусловлено началом ростовых процессов внутри луковицы, и должно рассматриваться как отклонение от типичных сортовых признаков. По окончании этой работы составляется акт весеннего отбора.