Вызывают гибель болезнетворных микроорганизмов или задерживают их размножение и развитие. Применяются для обеззараживания ран и ссадин, ожоговых поверхностей, а также для лечения гнойничковых заболеваний кожи; для дезинфекции помещений, белья и предметов ухода за больными (см. статью Дезинфекция). В медицине используются соединения хлора (хлорамин, пантоцид и др.), иода (спиртовой раствор иода, раствор Люголя, иодоформ и др.), перекись водорода, перманганат калия, некоторые кислоты (борная, салициловая, карболовая) и основания (нашатырный спирт, питьевая сода), соединения ртути (сулема, ртутные мази и др.), серебра (ляпис, протаргол и др.), свинца, алюминия (жидкость Бурова и др.), спирты и спиртовые настойки, формалин, дёготь, некоторые красители (метиленовый синий, бриллиантовый зелёный и др.). Особую группу антисептических средств составляют антибиотики наружного применения (грамицидин и др.) и фитонциды, содержащиеся в некоторых высших растениях, например в чесноке, луке, хрене, календуле и др.

Некоторые антисептические средства используются также для консервирования пищевых продуктов (например, этиловый спирт, уксусная и молочная кислоты). Их добавляют к продуктам в виде растворов в дозах, безвредных для человека. Они не только способствуют сохранению продуктов, но и придают им специфический приятный вкус и запах (например, уксусная кислота).